В рамках программы обучение ведётся на двух кафедрах – «Аппаратурное оформление и автоматизация технологических производств» (преподаватели этой кафедры читают почти все курсы в рамках учебного плана) и «Процессы и аппараты химических технологий» (ведётся научное руководство отдельными аспирантами). В большинстве случаев тема научного исследования выбирается в соответствии с потребностями производства, на котором работает претендент в аспиранты, и экспериментальная, практическая часть работы выполняется там же, в рамках договора о сотрудничестве. В ходе обучения аспиранты прослушивают учебные курсы, в ходе которых получают углублённые, по сравнению с магистерской и бакалаврской программами, знания в области механики жидкости, тепло- и массо-обмена, совмещённых процессов, теории подобия. Помимо получения большого объёма знаний аспиранты проходят педагогическую практику, осваивают современные образовательные технологии. Студенты имеют свободный доступ к электронным библиотечным системам и таким образом получают самые новые статьи и книги по направлению своей работы.