В рамках программы обучение ведётся на кафедрах «ХимБиоТех». В большинстве случаев тема научного исследования выбирается в соответствии с потребностями производства или научно-исследовательской организации, экспериментальная, практическая часть работы выполняется там же, в рамках договора о сотрудничестве. В ходе обучения аспиранты прослушивают учебные курсы, в ходе которых получают углублённые, по сравнению с магистерской и бакалаврской программами, знания в области современных экологических биотехнологий, моделирования биологических и химических процессов, навыки решения конкретных экологических задач. Помимо получения большого объёма знаний аспиранты проходят педагогическую практику, осваивают современные образовательные технологии. Студенты имеют свободный доступ к электронным библиотечным системам и таким образом получают самые новые статьи и книги по направлению своей работы.